伪满洲国“国务院”1935年提出，在长春南郊黄龙公园（今南湖公园）东侧的欢喜岭修建以祭祀招魂为宗旨的“护国忠灵庙”。之所以选在这里，是因为日军进攻长春南岭北大营时遭到中国军队的顽强抵抗，有40多名日军官兵在这里被打死，1932年以后，日本关东军和伪满当局将这里称为“圣域”，并作为纪念。

1936年伪国务总理张景惠举行“开锹仪式”，正式开工。此年8月20日将“护国忠灵庙”改名为“建国忠灵庙”。

庙的朝向由大同大街（今人民大街）的北朝向，改为面向日本神道教的圣地伊势皇大神宫和日本首都东京。

修建过程中，日伪曾组织14万多青少年“勤劳奉仕”，义务献工修建，1940年8月22日完工。全部占地面积45.6万平方米，分参道、外庭、内庭三大部分和一些附属建筑。庙里供奉尽忠殉职的日本官兵和伪满洲国文武官吏的“亡灵柱”（灵牌）。在所谓祭祀的人物灵位有日本人、伪满郑孝胥以下一些人，伪满方面仅占全部的六分之一。

1941年9月17日日伪举行第一届“秋大祭”，溥仪带领伪满官员，关东军头目和各界人等上万人举行“第一次合祀祭”，此后要求伪满青少年学生每天鞠躬行礼，拜国都新京，拜皇帝，拜“建国忠灵庙”，遥祭“为国捐躯”的将士，最后向东转，遥拜“日本天皇”，以此-东北人民。

伪满建国忠灵庙与日本神社有什么区别？神社是由日本人经营，供奉的是天教大神，属于日本神道教范畴；而“建国忠灵庙”，供奉的天照大神则是伪满建国元神，属于“国家神庙”。

日伪统治者把“建国忠灵庙”视为伪满洲国的“国庙”，是伪建国神庙的“摄庙”。

2019年10月7日，伪满建国忠灵庙旧址入选第八批全国重点文物保护单位名单。

现为空军航空大学使用，为省级文物保护单位。