二零零五年初牡丹园再次引进了牡丹、芍药万余株。其中，中原牡丹2304株，五个色系，30多个品种，甘肃牡丹5182株，七个色系，153个品种，芍药1926株，六个色系，63个品种，并引进国外部分牡丹新品种。

为了让牡丹达到与石、林、路、草的自然生态景观，考虑以人为本的原则，经过精心的设计将全园规划为四区六园。一区为块状栽植区、二区为疏林牡丹配置区、三区为草坪牡丹配置区、四区为水石牡丹配置区。六园以“园中园”形式分为：百年牡丹园、牡丹标本园、紫斑牡丹园、中原牡丹园、国外牡丹园和芍药园。园界以观赏园路自然划分。经过精心调整体现了布局合理、中心突出、条块清晰、错落有致的效果。小桥水景生动活泼，山石沉稳古朴，鲜花热烈奔放；草坪心旷神怡、游路曲径通幽，体现了长春园林绿化的精品意识。

牡丹园历经十余年的不断进取，已成为吉林省乃至东北三省唯一的精品公园。园内名花贵树星云遍布，其中牡丹一万余株，芍药两千多株，还有大丽花、刺梅等各类花卉。园内鱼塘在夏季还放养各类的观赏鱼以供游人品赏。园中的凉亭、长椅可供休憩，还有形态万千的奇石可供观赏。每年花开季节，每天游园人流量达到10万余人。