松江清真寺位于松江镇缸甏行，又名真教寺。据寺内礼拜殿中保存的清康熙十六年（1677年）《重修真教寺碑记》：寺于元至正年间（1341～1367年）蒙古氏创建。清真寺大门向北，外有照壁，额题“清真妙元”。入内有内照壁，书“清真寺”。甬道西侧墙下有一小墓，传为元达鲁花赤墓。进内西侧为邦克楼，面东，平面长方形，砖砌，建筑面积12平方米。其形制仿窑殿，外部重檐十字脊，翼角起翘，皆摹仿木结构；内部为尖拱穹窿顶，拱下辟门洞为出入道。邦克楼西厢对面为礼拜殿，砖木结构，三开间，宽敞雅静，建筑面积130平方米，明代形制。其内部装饰以阿拉伯文字组成丰富的彩绘图案。大殿向后为重檐十字脊窑殿，为寺内最古的建筑物，纯为砖结构，古朴雄伟。其南、北、东三面辟有拱形门洞，南北两侧拱门外筑有坡屋，建筑面积共48平方米。窑殿顶部为重檐十字龙吻脊，采用了透空花的做法，玲珑剔透。翼角的起翘部分无角梁结构。上下檐之间的四周壁面原绘有山水、花草题材的壁画。窑殿内部是球穹窿顶，顶下四角的叠砖，为菱角牙子间砌形式，均保持元代形制。此种中国与阿拉伯建筑风格融为一体的古代建筑，今全国仅存杭州凤凰寺和松江清真寺两例。

该寺为上海地区最古老的伊斯兰教建筑。元代蒙古军队中，有不少是穆斯林，嗣后有的就在松江定居，故建此清真寺。明洪武二十四年（1391年）大修，永乐年间（1403～1424年）扩建。清康熙十六年（1677年）、嘉庆十七年（1812年）、同治九年（1870年）三次大修。抗战时期（1937～1945年）门厅倾圮，部分房屋又被火烧，损坏严重。解放后，江苏省人民政府曾于1955年拨款修缮。由于经费不足，修时不得已拆除了礼拜殿的草架结构和轩廊部分。“文革-”期间，被改作工厂、仓库。

1985年9月动工大修。工程分两期进行：第一期，包括修复窑殿、穿廊、礼拜殿、邦克楼、南北讲经堂、水房、教长室、照壁、照墙、达鲁花赤墓及龙墙等项目，其中部分建筑物都按原样重建，以恢复清真寺原貌；庭院间除保留原有树、石外，又新植一些花木，布置幽雅，增添了古园林的景象。第二期，主要是修复墓园，恢复了数十块古墓碑，增植树木，保持墓地形式。全部工程于1989年5月完成。

1980年，被列为市级文物保护单位。