2002年7月，常州市博物馆会同南京博物院考古研究所对新岗遗址进行了科学钻探。勘探表明，该遗址总面积约32500平方米，中心区域约20000平方米，文化堆积较为丰富。

2002年10月8日-2003年1月15日，南京博物院考古研究所和常州市博物馆联合进行了第一期发掘。第一期发掘在该遗址中心区域分布5×10米探方6个，发掘面积300平方米。通过发掘，对新岗遗址的内涵有了进一步的了解，在遗址的地层堆积厚度约为3米，共分我为六个层次；一层为耕土层；二层为晚期墓葬扰乱的春秋层；三层至五层为新石器时代菘泽文化堆积层，出土比较密集的菘泽文化时期墓葬，出土器物有玉、石、陶等各类器物，玉器有钺、璜、环等，石器有斧、锛、研磨器等，陶器有鼎、豆、壶、罐、杯、纺轮、网坠等，其中一些器物既有典型的菘泽文化特征，又有浓郁的地方特色；六层为马家浜文化堆积层，出土陶器以红陶为主，器型以宽檐釜、圆锥足鼎、牛鼻耳罐等器物残片为主。

第一期发掘，共出土马家浜文化墓葬5座、菘泽文化时期墓葬30座、菘泽文化时期居住遗址2座、灰坑1座，共计出土各类文物286件，陶片15849片。此次发掘，出土多座菘泽文化晚期大墓。其中的五号墓，开口在二层下，长2.55、宽1.2、深0.38米，为长方形土坑竖穴大墓，墓向为北偏东10度。填土为黑中带黄的花土，近墓底为青黄色土。墓主人头骨、四肢基本完整，但已酥化，牙齿在东侧。未发现葬具。出土器物分布在人骨架四周，且大部分位于脚部，随葬有带把陶鼎、陶甗、陶豆、陶罐、陶杯、陶壶、陶盆、陶纺轮、石锛等各类器物21件，其中的弦纹杯、花瓣圈足杯为菘泽文化的典型器，而带把鼎又有山东大汶口文化的特征，故此墓既有地方特色，又受其它文化交流的影响。

2003年3月28日-2003年6月20日，南京博物院和常州市博物馆又对新岗遗址进行了第二次发掘，此次仍在遗址中心区域布5×10米的探方3个，发掘面积150平方米。这次发掘比第一期发掘，出土墓葬更密集，马家浜文化墓葬1座、菘泽文化墓葬22座，出土了玉、石、陶、青铜（春秋层）等各种器物188件，陶片3616片。尤以47号墓的发现引人注目，此墓是两期发掘中规模最大的菘泽文化墓葬，开口于三层下，长2.65、宽1.04、深0.43米，长方形竖穴土坑墓，墓向为北偏东10度。填土为极松软的灰黑土。墓主人仰身直肢，头骨被压扁，四肢较完好。出土器物分布在头、脚两侧，随葬有鼎、杯、壶、豆、纺轮、盆、甑等14件陶器和环、璜、镯3件玉器，玉环在头前、玉璜压在颈下、玉镯压在左腕下，与人身上佩带的部位相符。其中玉璜玉质莹泽，出土时尤为鲜绿，而玉镯发现时已断成两截，镯身有以前修补的痕迹。从此墓的规模、随葬品的数量和种类以及玉器的出土，可以看出墓主是一位在当时有着很高的社会地位和很多财富的女性。

根据两期发掘情况看，新岗遗址涵盖了马家浜、菘泽及春秋时期的堆积。其中，马家浜文化地层较薄，所出墓葬为儿童墓，随葬品少见。而菘泽文化地层堆积比较丰富，可分为三层，分别代表着早、中、晚三期。新岗遗址早期，墓葬比较简单，头向大多北偏东，一般少见或不见随葬品，无明确组合形式。随葬品中，以生产工具为多，有扁平长条形石锛、纺轮等物；陶器以喇叭形足敛口垂棱豆、深腹圜底釜形鼎、高颈扁圆腹平底壶等为代表；基本不见装饰品。中期墓葬，头向北偏东，墓葬面积较大，随葬品增多，随葬品的生产工具数量减少，陶器已可看出组合，最常见的是鼎、豆、壶、杯、罐等。其中石器有扁平梯形弧刃斧、长方形斧、长方形弧背锛等；陶器以扁铲足凹弧足釜形或盆形鼎、矮圈足盆形豆、结节柄高足豆、直口弧肩折腹罐、长颈扁腹壶、简形杯等为代表。晚期墓葬，头向与前两期相似，偶也出现北偏西的墓葬，墓葬面积进一步扩大，有的大墓长达2米多，随葬器物主要为生活用具，不见或少见生产工具，出现了装饰玉器，随葬品非常丰富，组合仍以鼎、罐、壶、杯、豆为主，特别是出现了专为陪葬而制作的小件明器以及一些异形器。随葬的石器主要有扁平梯形弧刃斧、扁平长条形锛等；陶器以扁平侧足盆形鼎、绹纹把外撇足鼎、矮圈足豆、多节形圈足浅盘豆、花瓣足筒形杯、觚形杯、竹节形杯、瓦楞腹花瓣形圈足壶、矮腹盆等为代表，新见的主要器型有甗、圜、底缸等；装饰玉器以璜为主，也有环和镯，还有作为礼器的钺。这三期的特征非常接近又有区别。

新岗遗址的发掘，丰富了马家浜、菘泽文化的内涵，并发现两者的地层叠压关系非常清晰，对研究常州地区的马家浜文化——菘泽文化序列增添了较为宝贵的新材料。该遗址晚期有些器物与良渚文化器物极其相似，较好地反映了两者之间的传承关系。另一方面，新岗遗址位于太湖流域西缘，处于史前文化南北交融与江淮流域接壤地带。从出土器物反映，新岗遗址与山东大汶口文化及南京北阴阳营文化均有密切的联系，对推动环太湖史前文化研究有较为重要的意义。