吴承恩墓在淮安城南6公里马甸乡二堡村，1974年冬被盗，其棺木头上存有“荆府纪善”、“射阳吴公之柩”等字。经查地方史志，有吴承恩充任过湖北“荆府纪善”一职事；后又于1975年在其墓旁获吴承恩父菊翁墓志一方，因此断定“荆府纪善”和“射阳吴公之柩”字样的墓，乃为吴承恩之墓。此墓三棺，左为吴承恩，右为其夫人叶氏和牛氏，共三棺合葬。1981年在吴父之墓西侧找到了吴承恩的墓井，并在墓井中找到吴承恩的颅骨，现由中国科学院古脊椎动和古人类研究所用科学方法复原为半身塑像置其故居之中。墓因盗掘，于1982年修复，为土坑竖穴墓，长约2.5米，宽约5米，无墓道。墓前列“荆府纪善吴承恩之墓”碑，并建有四柱三门的牌坊和飞檐翘角方亭各一座。

2006年6月5日，吴承恩墓被公布为第六批江苏省文物保护单位。