明清的漕运总督部院位于淮安府城中心，与南面的北宋镇淮楼、迎熏门(南门)，和北面的淮安府署在同一条中轴线上。规模宏伟，占地约2万平方米，有房213间，牌坊3座，中曰"重臣经理"，东西分别曰:"总共上国"、"--中原"。依中轴线设大门、二门、大堂、二堂、大观楼、淮河节楼、后院等;东侧有官厅、书吏办公处、东林书屋、正值堂、水土祠、一览亭等;西侧有官厅、百录堂、师竹斋、来鹤轩等;在大门外东西两侧各有一座牌坊，大门对面有照壁，大门前还有元代从波斯国运来的白矾石狮子一对。大堂坐北朝南，东西长28.8米、南北宽22.8米，五开间五进，青砖地坪，有大柱34根。漕运总督衙门大堂遗址，现存有33个柱础1860年，漕运总督署迁往15千米外的清江浦，这里的建筑逐渐废弃。