唐武宗会昌三年，栖灵塔遭火焚毁，一代胜迹化为焦土。

到了宋真宗景德元年，僧人可政募集资金在原址重建了一座七级宝塔，取名“多宝”，后朝廷赐名“普惠”。这座塔又于南宋时毁圪。悠悠千年，大明寺空余山门牌楼上的“栖灵遗址”四字。

上世纪90年代之初，高耸巍峨的栖灵塔重新拔地而起，屹立于蜀冈之巅，成为古城扬州的一个城标。

新建栖灵塔为九层方型楼阁式，从外形到内部构造全部为唐代建筑风格。平座、腰檐、梭柱、大斗拱，线条粗狂、圆浑而飞动。塔体全高73米，采用钢筋混凝土结构，规模宏大，构筑坚固，形式古朴、堂皇而庄重；塔身之上还装有高达8.55米的铜质塔尖。塔前钟楼、鼓楼两相对应，晨钟暮鼓，梵音袅袅。

栖灵塔建成后，缅甸仰光市长吴哥礼给大明寺赠送了玉佛五尊，其中一尊卧佛长达5.6米，为我国国内所罕见。大明寺在栖灵塔北侧专门建了卧佛殿以供瞻仰。

近年来，大明寺改建扩建了栖灵塔广场，塔内改装了从底层到七层的电梯。登塔纵目，扬州全城景观尽收眼底。