中华百草部分：本区域主要展示中药标本、相关实物以及扬州著名药号的历史。早在唐宋时期，扬州就是闻名遐迩的中药集散地，唐代诗僧皎然用“扬州喧喧卖药市”来描写当时的盛况；清初至民国年间，伴随着扬州中医名家辈出、门派林立的兴盛，扬州的中药业声气相应、铺肆林立、名号参差，各有验方秘制的丸散丹膏传世不穷。

长河浩淼部分以建国前后为节点进行时间划分，主要采用图片和文字资料展示扬州中医药文史资料。扬州与中医药之缘可谓源远流长！汉代名医华佗来过广陵，他的弟子吴普是扬州人，我国第一部论述病因和症候的中医学专著《诸病源候论》成书于扬州，为日本整理汉医药的唐代高僧鉴真仍然出自扬州，宋元时期岐黄名家遍及扬州四野八乡，明清、民国中医世家世代沿袭蔚为风气。

古圣先贤部分主要展示扬州历代名医风采。2000年以来，扬州名医辈出，他们担负着“上以疗君亲之疾，下以救贫贱之厄”之重任，将“大医精诚”奉为圭臬，以实际行动诠释着医乃“仁”术、调“和”致中、“精”研医道，心怀至“诚”的中医大家风范，成就了一个个医家传奇和杏林佳话。

国之瑰宝部分综合展示祖国传统中医药学在临证、养生、教学、研究等方面取得的成就和影响，较充分地说明中医药学是中华民族灿烂文化的重要组成部分，并以显著的临床疗效、浓郁的民族特色、独特的诊疗方法、系统的理论体系、浩瀚的文献史料，屹立于世界医学之林，成为人类医学宝库的共同财富。

此外，在中医院的门诊大楼周边广植本草，建设了户外中药原株展示的“百草园”近万平方米，共种植各类药用植物200余种、20余万株，建有李时珍、华佗青石塑像。扬州中医药文化展示修缮最大特色是全方位开放，就诊患者及陪同家属都是参观者，受到了国家卫生部和有关专家的一致好评。