孔氏家庙不同于孔庙、文庙。孔庙、文庙为官方所立之庙，乃朝廷官府、学子及百姓祭祀孔子之处；孔氏家庙则是孔子嫡长孙率族人祭祀孔子及历代先祖之处。

衢州孔氏南宗家庙为全国仅有的两座孔氏家庙之一，素称“南宗”，具有700多年的历史。

宋建炎二年（1128），孔子第四十八世嫡长孙、衍圣公孔端友率领孔氏精英扈跸宋高宗南渡。建炎三年（1129）初，宋高宗赵构以孔端友扈跸有功，赐居衢州。绍兴六年（1136），宋高宗诏命权以府学为孔氏家庙。此乃衢州第一座家庙。宝祐元年（1253）应孔子第五十三世孙、第六代衍圣公孔洙之请，宋理宗拨银三十六万缗、诏建孔氏家庙于郡东北菱湖芙蓉堤。这是衢州第二座家庙。元至元十三年（1276），该庙毁于兵燹。此后，孔洙以一族之力，在城南鼎建家庙。即为衢州第三座家庙。明正德十四年（1520），应孔子第六十世嫡长孙、世袭翰林院五经博士孔承美之请，朝廷恩准，择地菱湖县学旧址，新建衢州孔氏家庙，并在其西侧兴建孔府。这就是衢州第四座家庙，也就是现在的衢州孔氏南宗家庙。

衢州孔氏南宗家庙有中、西、东三条轴线：中轴线有大成殿，祭祀孔子。西轴线有六代公爵祠、袭封祠、五支祠，以祭祀孔氏历代先祖；思鲁阁供奉孔子夫妇楷木像、先圣遗像。东轴线有五王祠、恩官祠，祭祀孔子之五世祖及有功于衢州孔氏的历代官员。家庙西侧是嫡长孙居住的孔府及后花园。为国家级重点文物保护单位文物保护单位。

以孔子为代表的儒家思想是中国传统文化的主流，为借鉴儒家注重礼仪教化和道德实践的思想精华，继承儒家倡导的从政道德和廉政精神，近年来，衢州市纪委监察局利用孔氏南宗家庙的地缘文化优势，着力打造儒家廉政文化。在孔庙《思鲁阁》专门开辟廉政展厅，以书法、绘画等形式表现儒家文化中的廉政精髓，专门编写了《儒家思想与从政道德》一书，倡导广大党员干部深入学习研讨中国传统文化，不断提高自身文化修养和道德修养。同时，市、县两级纪委监察局依托孔庙廉政文化教育基地，多形式、多层次地组织开展“学儒家思想、做廉政干部”系列主题教育活动，通过开展理论研讨、知识竞赛、演讲比赛、专题讲座、征文比赛等形式，教育和引导党员干部“读书修德、以德律己”，在全社会努力营造知学好进、尚廉知耻、祟德思贤的良好氛围。

2006年，衢州孔氏南宗家庙被命名为“浙江省廉政文化教育基地”。