清凉峰自然保护区内不仅黄山松婀娜多姿，棠棣花姹紫嫣红，其怪石也有独特之处。它不像黄山怪石那样从峭壁突兀而起，而是直接从深厚、翠绿的大地上屹立，形象逼真，十分逗趣。如“仙人锯石”、“猿人上山”、“小姑背情郎”、“白云岩”、“仙人洞”、“龟蛇把关”、“狮象进门”、“天子池”等，类似景点达四五十处之多。壁立的石峰千变万化，有的像飞禽，有的似走兽，有的肖人，有的状物，还有更多的尚待人们为之冠以美名。另外，此处的流泉、飞瀑比比皆是，云河、云海更是变幻无穷，争异斗奇，使人赞叹不绝。

清凉峰自然保护区内地势高差大，地质切割、侵蚀作用强烈，发育着典型的北亚热带常绿落叶阔叶混交林，植被垂直分带明显，生物资源具有古老性、多样性等特征，是中国经济发达的长江三角洲地带难得的保存完好的生物基因库。本区野生动植物资源非常丰富，已知陆生栖脊椎动物有286种，其中国家重点保护的野生动物有梅花鹿、黑麂、白颈长尾雉、金钱豹等；种子植物有150科、1819种，其中国家重点的保护珍稀濒危植物有鹅掌揪、夏蜡梅、南方铁杉等，并为27种植物的模式标本地，本地还是南方铁杉群落、夏腊梅群落、巴山水青冈群落和野生梅花鹿南方亚种在华东地区极少数的主要分布区之一。浙江清凉峰自然保护区的建立，对于保护中国东海沿海地区的生物多样性具有重要的意义。

清凉峰自然保护区内的千顷塘一带是野生梅花鹿的栖息活动地区，是中国陆地上分布最东、最南的野生种群，是国家极为珍贵的基因多样性宝库。清凉峰自然保护区现有陆生脊椎动物280余种，其中国家重点保护动物20余种，特别是黑豹、云豹、苏门羚、猕猴等。有高等植物2000种左右，其中国家重点保护植物33种，世界单种属、少种属77个，这充分证明该保护区是个生物多样性的聚集地。

主峰北坡的野猪土党是一处尾呈三叉形，海拔1450米，南北端水平差为2.5米的山中-原，面积2万平方米，其中有一条长1公里，均宽约2.5米的小山溪潺潺而过。溪水清澈见底，光澈照人。溪中水潭，碧如翡翠，常年不涸。

这里是著名的江南古陆的一部分，垂直差异地带性气候特征明显，蕴藏着大量珍贵的生物资源，被列为省重点保护植物的有天女花、珍珠黄杨、铁杉、天目琼花等25种，还有猕猴、短尾猴、毛冠鹿、苏门羚、山牛、野猪等珍贵动物20余种。清凉峰被生态学家誉为“自然博物馆”。