旃檀林全寺由四座厅堂式居室和宫殿式大雄宝殿组合而成。东为僧房和寮房，敞厅堂，三层楼阁，有内落水小天井。西为云水堂，敞厅四开间，二层楼，小天井。僧房和云水堂之间为前厅，内有板壁隔成弥勒殿韦驮殿，进深20.5米，殿两侧是两层楼阁，韦驮殿前二个小雕像，一个是济颠和尚，一手拿着薄如纸的小酒盅，另一手摇着破芭蕉儿，笑盈盈，喜哈哈，手舞足蹈，似酒醉归来，逍遥自在。另一个是疯僧，赤足，手挥佛尘，左肋下夹着一把扫帚。据说，这是南宋风波和尚，他疾恶如仇，痛恨害死岳飞的奸臣秦桧，一心想扫灭秦贼，拿着扫把，只要是人群集聚之地，即使很清洁，他也挥动扫帚地，说是“扫秦”（意扫清），激发人们共同除奸，韦驮殿里，韦驮身着铠甲，手扶金刚杵，面对大雄宝殿佛像而立。

弥勒殿里供的阿弥陀佛，加上在边的观世音菩萨，右边的大势至菩萨，合称为“西方三圣”。

从韦驮殿向左，进门又是一幢楼阁，楼上佛堂宽敞，楼下厅堂高大，古色古香。厅前天井狭长，左右为库房、僧寮。由韦驮殿向右，进角门穿过楼间小巷，是又一组楼堂。楼下三间敞厅，屏风后和左右两端有十间客房，楼上佛堂周围有十余间客房，三楼也是接待香客的住房。楼前天井，上有巨幅《墨龙行云图》，左右上方还有《芦雁秋景》、《秋菊傲霜》和春蘭、冬梅等小品图画。古雅清幽，可供观赏。

在两厢楼住间，有《西游记》小说人物唐僧率孙悟空、猪悟能、沙悟净西天取经的雕像，四人风尘仆仆，远道而来，各自伫立于廊下一角，好像等待寺中住持和尚出来迎迓款待，十分有趣。

穿过一石板铺地、洁净如洗的长方形天井，就可到达大雄宝殿。大雄宝殿高18米，宽11.5米，深15.5米。仰观大殿，铁黑色葫芦矗立在正脊中间，鱼龙尾翘在两边。重叠的飞檐，条条鱼龙飞来，装点得八角殿更加壮观。重檐间、绘着青狮彩凤。四周廊柱上，雕有“八仙”人物像：跛足蹒跚的铁拐李，腰间葫芦摇晃；风度翩翩的吕洞宾，潇洒自如，春风满面；袒胸露腹的汉钟离，须髯飘洒，手摇宝扇；倒骑毛驴的张果老，手凿渔鼓，欲唱一曲“道情”；身穿官服的曹国舅也赶来檀板轻敲。还有仙人刘海，喜盈盈地在戏弄金蟾。这些是道家神仙移来做佛家护法，为佛教建筑上的别制，殿前廊下左右悬挂古钟，钟重千斤以上，鎏金大字闪烁有光。廊下和佛幡前有黑底金字楹联和泥金雕花楹联。第一联：“山中作伴莫负煙霞，林下相逢只谈因果”。另一联：“把臂入林可复有太白联吟阳明打坐，现身说法恍然悟新罗月满南海波澄”。说的是李白游九华，吟诗联句；王阳明上九华，在东崖晏坐，所说“新罗”即金地藏，相传农历七月十五日是其生日，正值月满。“南海”指观音，普陀山为“南海观音道场”，与九华山齐名，都谓之“菩萨道场”。昔日佛教徒由于交通等条件限制，海外和内地朝山拜佛的善男信女到九华、普陀山的居多。楹联作者兼顾了佛教和旅游，文字简洁、雅俗共赏。佛像座前一联曰：“奉双亲参礼九华，喜今日旃檀林中便已是极乐世界；愿一心长持半偈，想当年菩提树下用何等刻苦功夫”。这联出自在家信佛的居士之手，以示其虔诚。

殿堂正中供奉着释迦牟尼佛像，两旁侍立的是阿难、迦叶，两侧是观音、地藏等。观音像两侧有“金童”、“玉女”，地藏像两边有闵公、道明侍立。大殿两侧依墙而塑的十八罗汉，与祗园寺的十八罗汉各有千秋，自台基上至殿梁间，塑的是大海波涛，十八罗汉或立、或坐、或昏睡、或惊异。各显神通，在惊涛骇浪里稳如泰山。鳌、鱼、龙、鳖、虾、蟹、蚌之类水族都在他们脚下，为其效劳。水面上还有一双空荡荡的“法舟”，最高处还有介龛、宝塔，仿佛是海上奇观。大殿中的佛像均用生漆夹苧法制成。一枝花茎能擎二、三丈的塑像。佛像制作工序较为复，预先雕刻好能分能合的木质佛像模型，拼合成一整体，外缠苧麻布，涂上生漆、铁砂调和的涂料，如此重复九至十三次。雏型制成后，将模型一块一块抽出来，然后刮净磨光，贴上赤金制成的“金箔”，金光闪闪的佛像就制成了，它具有防潮、防腐、防蚁蚀等优点，適宜于雨水多、云雾浓、湿度大的江南山区。九华佛寺中，这种造像较多。

大殿两侧是花厅，两层楼，有花园，名“山中天”。墙下依地势砌成花圃，种花植草。旁有山泉一眼，用石条砌成一方池，清澈见底，晶莹如镜。院落窄长，因花厅前檐高三丈，走廊宽六尺多，长五丈多，扩大了空间，所以视野开阔，是名副其实的“山中天”。花厅五间，中间二开间为敞厅，两端和屏风后有房间，与二楼、三楼共有16间卧室，为接待贵宾下榻之处。敞厅装有玻璃隔扇，雕刻着各种神话故事，闲坐厅堂，便可欣赏神光岭，芙蓉峰上万木苍翠，白云袅袅，群鸟飞翔的景色，悦目清心，实为福地洞天。

旃檀林历史上最重大的重修有三次，第一次是1886年定禅法师重修大雄宝殿；第二次是1992年重建大悲殿；第三次是1998年新建大愿宝殿。该寺传承法系为临济宗。九华山九子岩九华山祗园寺吊桥庵九华山化城寺肉身宝殿长生庵百岁宫旃檀林天台寺九华山天柱峰景区回香阁龙庵小天台天池庵华天寺