侵华日军淮南罪证遗址位于淮南市大通区，包括万人坑、站后碉堡、碉堡水牢、秘密水牢、窑神庙、日军司令部、日军弹药库、日军地堡、日军南宿舍碉堡九处遗址。

万人坑

位于淮南市大通“万人坑”教育馆南部，共3个南北向长方形坑，每坑长18米、宽3米、深3米，坑与坑间距2.4米。自民国27年（1938年）夏建成至民国30年（1941年）冬，被日军残害致死、食用日军发放的发霉麦麸病死的万余名矿工及矿工家属尸骨被日军投入“万人坑”中，从而掩盖其罪行。1968年重新将“万人坑”挖开，并加以修复，在其上建立了阶级教育展览馆。1978年省政府及淮南矿务局（淮南矿业集团前身）投资70余万元修建万人坑展厅及教育馆（因资金不足未能全部完工），举办了《日军侵占淮南陈列》。1995年被命名为省级爱国主义教育基地。2004年，“万人坑”及教育馆由淮南矿业集团划转给淮南市文化部门管理，同年，成立了淮南市大通“万人坑”教育馆。2005年，淮南市政府拨款对“万人坑”及教育馆进行全面维修，恢复对外开放，2008年起实行免费开放。2010年，被评为“AAA旅游风景区”。

秘密水牢

民国29年（1940年）日军修建。因位于采煤塌陷区，1968年淮南矿务局（淮南矿业集团前身）将秘密水牢由原大通煤矿南门内迁至“万人坑”教育馆外西北侧约200米处，利用原材料按原样复原。面积120平方米，高6.9米，灰砖转角瓦房，分地上（审讯室）、地下（水牢）两部分：地上被一隔墙分为大致相等的两部分，每个部分都设有铁门，铁门旁另修1米见方的竖井，井口有铁板盖，以铁梯与地下水牢相连。先后有近百名--矿工及新四军战士在秘密水牢内被破孩-致死。

窑神庙

位于居仁新村内，民国30年（1941年）5月日军修建，为砖木结构仿古建筑，坐北朝南，硬山顶，青砖灰瓦。总高6.9米，面阔3开间12.55米、进深7.44米，穿梁式木构，重檐下有庑廊；正面开一门两窗，门窗上端用半圆形装饰成简单的日出图样，具较明显日式建筑风格。庙内原供奉泥塑太上老君骑牛像和窑神，解放后拆除。1987年淮南市财政投资进行修缮，并增设保护院墙。2011年，经省文物局批准，淮南文物部门对窑神庙进行落架维修，同时对附属设施及院内环境进行整治，计划举办小型陈列对公众免费开放。

站后碉堡

位于原大通火车站西50米（现铁路改线火车站已拆除）。民国28年（1939年）日军修建，砖石水泥结构，圆筒状，上小下大，水泥抹面。高14.1米，底部直径6米，上下三层，三层顶有平台，有一周垛墙。每层设有-眼、出气孔，层层由铁梯相连。底层墙厚度1米，底层正南有一铁门。2002年，经省文物局同意，在洞山东路扩建时，设环岛对站后碉堡进行原址保护，2004年市政府拨款进行保护性维修。

碉堡水牢

位于大通第一小学院内西北角。民国28年（1939年）日军修建，地上为一圆筒形石块水泥结构建筑，高6.4米，直径7米，分上下二层，每层有4个-眼，顶层有平台；地下是与碉堡等径的水牢，深2米。北、西两侧分别有一铁门。1993年，省财政拨款对碉堡水牢进行了维修。

侵华日军淮南罪证遗址是日本军国主义侵略罪行的有力见证，集中反映了日军在我国内地大肆侵略、残害百姓及掠夺煤矿资源的暴行。

2013年5月，国务院（国发[2013]13号）公布侵华日军淮南罪证遗址为全国重点文物保护单位。