明正德五年（1510），时任庐陵知县的王守仁偕同邹守益（安福人，明代科举探花）在青原山讲“良知之学”，其后会讲者众，并置学田。王阳明去世后，每年春秋两季，青原山都要举办大型王学讲会。讲会时，大江南北王门弟子不远千里而来。青原山也就成为王学研讨中心，庐陵誉为“理学之邦”。

明万历四十年（1612），吉安名士邹元标（1551-1624、吉水人，历任刑部右侍郎、左都御史等职）、郭子章（1542-1618、泰和人，官至兵部尚书）接纳寺僧本寂的建议，筹资将会馆从净居寺内迁至寺外山前。于待月桥旁，翠屏山之南，重建“传心堂”，“五贤祠”（五贤指王守仁、邹守益、聂豹、欧阳德、罗洪先）。祠旁建“九邑会馆”，吉安府属九县各建一馆，各馆置有公田，接迎本县学士文友。历五十年风雨，会馆破损，清康熙五年（1666），湖西道守施闰章倡议修葺，士绅百姓闻讯，奔走相告，捐资献物。

青原会馆又经百年沧桑，失修倾塌。为重振阳明之学，清道光十九年（1839），吉安知府鹿春如首倡建阳明书院。社会各界踊跃捐资，建书院于净居寺北侧，与净居寺隔溪相望，历三年建成。前后三进，占地12亩，规模宏大；第二进为“传心堂”，设“志道”、“据经”、“依仁”、“游艺”四处学舍；第三进为“五贤祠”，祠上方建“魁星阁”。书院建成后，又“劝捐储费，建库储书”，选拔吉安九县优秀生员就读，扬儒学精神，继庐陵文脉。并于道光二十三年（1843）聘刘绎（字瞻岩，永丰县人，曾任提督山东学政）为阳明书院首任山长，主讲书院达30年之久。光绪末年因废书院而停办。1939年至1948年，国立十三中学迁青原山，并以净居寺部分房舍和书院为校舍。