湖中的运河，北起济宁，一头扎进微山湖中，潜游到韩庄镇，才又露出面孔。在这里，河就是湖，湖就是河，烟波浩渺，浑然一体，只有被人称为“水上列车”的拖船队，才能告诉你运河的行踪。湖中运河，自北向南，140余公里，占运河总长的1/25。它是京杭运河的一部分，也是“中华民族源远流长的歌”。

运河，因它在历史上以运粮为主，故俗称运粮河。微山县境内原是被称为大泽、沛泽的低洼沼泽地，泗水纵贯其中。唐武德七年(公元624年)，任徐州经略使的尉迟敬德，为运输粮饷，曾开挖过运河，将汶、泗二河之水引到济宁，然后南北分流，北顺济水故道北去，南顺天然泗水下流，经微山境内，南达徐淮。元朝定都北京，每年所需江淮一带粮米100万担，海运损失严重，陆运耗资过繁，因此，急需开辟一条沟通南北的内陆漕运航道，运河也就应运而生了。从此，运河不断开挖、迁徙、荒废，历经明清，至今已有700多年的历史。

元代至元二十年(公元1283年)，由兵部尚书李奥鲁赤主持兴工开河，首先疏导了济宁以南的泗水航道，重点开凿了从济宁至东平的济州运河。至元二十六年(公元1289年)开挖会通河，从东平北至临清。济宁以南至徐州，夺泗水为运河，经石佛、仲浅、鲁桥、枣林、南阳、谷亭、湖陵、沛县城东，过飞云桥(今沛县城东南，桥原架泡水上)，出茶城，直通大浮桥(今徐州市北镇口附近)。并相继于延、大德年间建成了辛店闸、师庄闸、枣林闸、孟阳泊闸、金钩闸、沽头闸。《元史·河渠志》载：“江南行省起运诸物，皆由会通河以达于都。”“闸漕者即会通河，北至临清与卫河会，南出茶城与黄河会。”可见，这时南至徐州，北至临清，统称为会通河。这是微山最早的运河。

嘉靖六年(公元1527年)黄河于徐州、沛县等地决口。黄水冲入鸡鸣台(今昭阳湖北段湖中)，越过运河，闯入昭阳湖，遂使运河庙道口一带淤塞了30余里。嘉靖四十四年(公元1565年)，黄河又于肖县大决口，洪水再次闯入昭阳湖，使河道淤塞，严重地破坏了明朝京师的漕运。于是，嘉靖四十四年到隆庆元年间(公元1565～1567年)，几经曲折，又开挖一条北起南阳，经建闸、夏镇，过西柳庄、马家桥，南至留城，全长141里的漕运新渠。将河道由湖西洼地，移往湖东高地，从而解决了河道淤塞的问题。大批货船进入新渠顺利北上，显示了很大的威力。不少荒凉的小村，变成了港口码头，热闹起来。面对“漕转万艘通职贡，润流百邑返耕桑”的景象，不少人作歌赋诗，颂扬治理运河的功绩。有诗赞道：“疏凿再经神禹手，平成鮂起野人讴。”连穆宗皇帝也高兴地“作志喜诗四首，以示诸臣。”并诏治河指挥朱衡进京，加封为太子太保。

漕运新渠也是好景不长，明万历三十一年(公元1603年)，黄河从单县苏家庄决口，河水冲入昭阳湖，穿李家口南流，出镇口淤塞运道，都御史李化龙上疏开河，皇廷非常欣赏这项建议，令“速集丁夫开挖”。万历三十二年八月工成。河自夏镇东南行，经西方、彭口闸，出韩庄，奔台儿庄，至董沟会黄河。这条河道可以避免董沟与徐州茶城间的黄河冲刷，保证了南北漕运畅通。清代人靳辅称这次疏开河为明代治河的最大成绩。

会通河、漕运新渠、河，经建国以后的疏导、扩挖，这就是在微山县狭长的版图上南北流淌的三条运河，它们滋润着这里的一草一木，孕育了湖区的灿烂文化。湖中运河，作为京杭运河的一部分，其历史功勋是不可磨灭的。它不舍昼夜的流淌，几百年来不仅灌溉了两岸几千平方公里良田美畴，而且是南北水运的动脉。北起仲浅，南至韩庄，沿河村镇的兴衰，都与运河息息相关。于今，南水北调工程，给运河带来新的活力，第一期工程竣工后，千吨货船，可由济宁满载兖州煤田的乌金，直抵长江；又可把江南水乡的货物，运回山东，同时也可以改善微山湖水位不稳，时旱时涝的局面。