据新旧《唐书》和《历城县志》记载：黄巢于乾符二年（875年）率众起义，转战大江南北，号称冲天大将军。中和元年（880年）攻占唐都长安，称帝，国号大齐。中和二年退出长安，中和四年东进泰山之阴黄草谷一带安营扎寨。因唐军追击，义军在黄巢村北“交战岭”与唐军决战，但终因寡不敌众，激战中全部壮烈牺牲。无奈之际，黄巢命外甥林言斩其头降唐，伺机东山再起。林言不忍心，黄巢立即自剔。林言只得割其头颅，投降唐将尚让。尚让却以“不仁、不义、不忠、不孝”为罪名割了林言的头，自己去请功去了。

黄巢村原名“黄草谷”，（今黄巢村内“三官庙”碑文可证）从这里仍能找到黄巢起义军驻扎和作战的遗迹。如车子峪、菜峪、裁缝峪等地，分别是义军存放战车、种菜和制作军服的地方；饮马湾、旗杆窝等地，分别是起义军饮马和竖大旗的地方；村内三官庙是黄巢屯兵的大本营；“交战岭”和“死人沟”是起义军与唐军作战最激烈、伤亡最惨重的地方。“死人沟”原名“虎狼谷”，是黄巢殉难所在地。据传当时黄巢在村内大财主杜庆江宅院里安的“金銮殿”。黄巢村还曾经保存过黄巢的一面大旗，旧时每逢大旱，村民们便打出来求雨。可惜这面大旗在“文革”期间失踪了。黄巢村作为黄巢农民起义遗址，1989年被列为县级重点文物保护单位。