石臼始建，按口碑记传始于北宋之前，迄今已有千余年的历史。宋元佑二年（公元1087年）于莒县置日照镇。石臼时隶属日照镇。元佑三年，随日照镇一并划归胶西县（今胶州）辖于密州。南宋时期的金朝大定二十四年（公元1184年），改日照镇为日照县。石臼，又是隶属日照县的三个半镇之一。光绪《日照县志·古迹》记载：“明统志谓日照新辖四镇，有石臼、涛雒、沙沟及梁乡之半。”

考石臼之称，有传是以原来村后大片裸露花岗岩上遍布“碓臼”状穴而得名；也说，宋时李宝破金兵屯兵处，用石臼杵米而得名；又以海岸向东南突出，形成岬角或曰半岛，故又称石臼岛；自明初建置“备御千户所”始称石臼所，故也称石臼所口，简称“所口”，或只称一个字“所”。明洪武十七年（公元1384年）为防倭寇建立了安东卫，下设前、后、左、右、中五所，石臼为后所，是安东卫北部一个重要屯兵分汛之地。曾设千户、副千户、百户等若干军职-，拥有马、步兵千余人，并设有石城。光绪《日照县志·营建》记载：“石臼所城，周三里有奇，高丈四尺，南北西三门......同治六年（公元1867年）避寇复修。光绪十一年（公元1885年）重修。”城外南北沿海岸边，设有十五个了望、报警的墩台，各有马步兵驻守。据地名普查时考证，石臼所城实为四门，并各有匾额：北曰“奠盘”，南曰“安澜”，东曰“望瀛”，西曰“瞻奎”。

石臼，自古就是军事重地。南宋高宗赵构绍兴三十一年（公元1161年）冬十月，金人围海州。浙西总管李宝率舟师由海道进军，泊船屯兵石臼。金兵泊船屯兵陈家岛，两军相距仅隔一山（今我市丝山），当时北风狂卷，对宋军作战不利。李宝向石臼“龙神庙”祈祷，龙神显灵，风向顿转，虽得以率军猛攻，火烧金船数百艘，俘虏、击毙金骑兵上将益都府总管完颜正嘉弩等五个高级将领，使金人建立的唯一水军全军覆没。南宋朝廷闻捷，诏李宝进朝，奖谕“忠勇李宝”四字旗一面，加封为靖海军节度使，沿海制置使。

因李宝祈祷时“龙王神灵应”，朝廷封石臼龙王神为“佑顺侯”，并赐匾额“威济庙”。龙神庙殿内二龙绕梁，神气逼真，院内刻有耐人寻味的“长、朝”二字联。“长长长长长长长”，“朝朝朝朝朝朝朝”。“龙神”面对大海日久天长。石臼，不仅是古今军事要冲，也是名胜古迹较多的地方。其西南隅海岸边，是世传张果老、吕洞宾、何仙姑等八位仙人过海的地方，海岸岩石上留有先人坐卧的痕迹，因名“八仙石”。东南岬角处，有盛名远播的巨大天然“自动石”，当地群众叫“鬼动石”。该石随潮自动，二石不停撞击，以小石投入两石之间，顷刻击碎。清光绪八年（1882年），湖北督粮道兼按察使日照涛雒人丁守存题书“天机鼓荡”四个大字，敕石以志；又龙神庙前，“石壁千寻，陡入海下，传为龙窟，澜翻渊葶，殊骇人目”。龙神庙东南15米处，有明朝真定府同知、日照人申安书写的“海上碑”两幢：一曰“天风海涛”，一曰“万派潮宗”。在石臼西南4公里处的东海峪，有被考古界确认是四千年前的新石器时代的“龙山文化”早期典型遗址。这里出土的高柄镂孔蛋壳杯为举世瞩目的珍宝，这里挖掘出的墓葬和文化堆积层是互相衔接的三期，是研究我国原始社会晚期发展情况不可多得的重要依据之一。

在石臼北不远处是多种史书记载的周代齐国始祖姜太公（姜尚）避纣隐居的“东吕乡”地。在万平口处有其地钓鱼的遗址，名曰“棘津”（水名）。石臼北约3.5公里处的明望台，是两千多年前战国时期的“缗王台”遗址。缗王是战国七雄之一的齐国之主，故称齐缗王。

现在，石臼已建成全国一流的煤炭码头、木片码头和杂货码头，新兖石铁路以及直通码头的高速公路。