保护区是为实现麋鹿回归自然，1991年经省政府批准成立的自然保护区，1993年和1994年分两批从北京麋鹿苑引进

麋鹿64头，由于环境适宜，因此仅在3-4年的时间内，麋鹿种群发展到134头，且麋鹿的野性恢复良好，实现了自然放养的目标。1998年国务院批准为国家级自然保护区。10多年来，麋鹿在保护区内全部实现自然放养，恢复了野生习性，种群数量也由最初的64头发展到了800余头，成为全球最大的野生麋鹿种群。

保护区主要任务是实现中英两国政府签订的“麋鹿重引进中国协议”第二阶段目标，即在麋鹿原生地恢复自然种群，并保护其赖以生息的湿地生态环境。有关专家认为：石首保护区在我国首次成功重建了一个野外绝灭的物种种群，结束了数百年无野生麋鹿种群的历史。