南澳岛是广东省内唯一的海岛县。位于闽、粤、台三省交界海面，地理位置优越。自古以来，南澳是东南沿海一带通商的必经泊点和中转站。南澳城城墙遗址位于南澳县深澳镇金山村委会。据《南澳志》记载，明万历四年(1576年)南澳城建成，“坐南朝北，高二丈二尺，厚五尺，围五百丈，面宽七尺，皆甃以石，壕深八尺。”​2015年12月，南澳城城墙遗址被公布为省级文物保护单位。

清齐翀编《南澳志》记载，明代万历三年（1575年）福建巡抚刘尧海上疏“窃思漳、潮之间以海为限，其海洋之南澳，地险而沃，百谷所生，百货所聚，惟地非分土，事在两邻，故往往为贼遁逃薮，而修船制器、市药裹粮，百无所忌……今欲为两省久安计，必先治南澳；欲治南澳，必先总事权……商民贸迁，类多奇货。凡闽船入广，广船入闽，皆不能外南澳，即令该总兵批验，仍委文职一员兼同抽掣，以供该镇兵费。”同年诏设“闽粤南澳镇”，置“协守漳潮等处专驻南澳副总兵”，“受两省总兵节制，又制两省之兵”。南澳设置之初就是由于其在东南沿海海防及往来贸易上的特殊地位。

万历四年(1576年)，“深澳金山之阴”南澳城始建，后历代多经修筑。1918年正月初三，深澳发生7.25级大地震，南澳城谯楼、窝铺、垣堞多被破坏。1959年，因南澳建设专区青年盐场，城墙全部拆毁。今遗存南澳城城墙残长约40米，宽4米，城墙内外为条石铺筑，采用一顺一丁干砌而成，中间填土，城墙保留明代条石构筑风格。在城墙内有教师宿舍，城墙外周围为农田。离城墙约400米为深澳中学。由于年久失修，城墙中间填土流失严重，城墙杂草繁生。

从明万历三年（1575年）设南澳副总兵，即“协守漳潮等处驻南澳副总兵”，分广东、福建两营，起建南澳城，至1927年南澳县治迁至隆澳即现后宅镇，南澳城一直是南澳的政治军事中心。南澳城城墙遗址的保护和考古工作，对研究明代南澳在经济、文化、交通、军事、建筑等方面的发展具有重要的价值，也是一处佐证南澳自古在东南沿海海防及往来贸易上具有特殊地位的文物单位。

2015年12月10日，南澳古城墙被公布为第八批广东省文物保护单位。