本区内山高、坡徒、谷深，最高峰圣堂山海拔1979米。由于保护区位于中亚热带和南亚热带的过渡地带，加之地形地貌复杂多样，生境差异大，因而区内植被类型多样，垂直带谱比较完整，动植物种类丰富，起源古老，特有种相当丰富。本区主要森林植被为典型的南亚热带季风常绿阔叶林，并分布有完整的银杉棗长苞铁杉、金毛石砾针阔叶混交林和中亚热带向南亚热带常绿阔叶林过渡的地带性植被；区内已知的维管束植物有213科870属2335种，其中国家重点保护植物有银杉、南方红豆杉、伯乐树、瑶山苣苔、异形玉叶金花等10多种，以“瑶山”地理命名的模式种有30多种；已发现的陆栖脊椎动物有273种，尤以鳄蜥、金斑喙凤蝶为世界性的濒危物种。大瑶山是广西最大的水源涵养林区，且区内不分布有大面积的丹霞地貌，风景秀丽，旅游资源丰富，对当地的气候调节、水土保持和促进区域经济发展均具有重要意义。