万州港务管理局始建于1952年元月，属交通部直管全民所有制国有企业，实行以交通部领导为主，地方为辅双重领导体制。1988年12月15日成建制下放到万县地区行署，实行以地方政府领导为主，交通部领导为辅的双重领导体制，属正县级政企合一单位。2003年6月25日根据万州府[2003]58号文批复，万州港务管理局按照政企的原则整体改制组建了重庆市万州港口（集团）有限责任公司。为进一步做大做强港口物流，按照重庆市委、市政府的要求，于2006年7月28日，实行重庆、涪陵、万州“三港合一”资源战略整合，所属资产全部划归重庆港务物流集团。
万州港辖区辐员广阔，腹地包括渝东、川东、陕南、鄂西等地区。腹地经济资源丰富，已探明的矿产资源有38种，其中岩盐储量2860亿吨，煤矿20多亿吨，硫铁矿1.3亿吨，天然气1000亿方米；农副土特产品名闻遐尔，桐油产量居全国第一位，柑桔产量居全国第三位，蚕丝、生漆、烟叶、皮革、猪鬃、肠衣、油料、药材、生猪、粮食、茶叶、榨菜等在全国占有重要的位置；还有纺织、盐业、丝绸、电池、化工、建材、冶金、电力、煤炭、皮张、造纸等行业也具相当规模。
万州港辖区旅游资源得天独厚，长江三峡中的瞿塘峡、巫峡就在其间，可供开发的名胜古迹和旅游风景点多达200多处，现已对外开放57处，如长江三峡、巫山小三峡、青龙瀑布、大溪文化遗址、巫山双溪溶洞、奉节白帝城和天坑地缝、云阳张飞庙、忠县石宝寨、梁平双桂堂等。三峡成库之后，将形成长达600多公里的巨大水库。借助于成库以后水位的抬升，长江上游的大多数支流的可进入性得到加强，方便游客游览新景点。可以增加37处漂流峡谷的河段，增加岛屿及半岛14个，增加湖泊11个。同时，大宁河、乌江以及嘉陵江的可进入性也进一步加强。有关人士分析，三峡成库后，库区景点被完全淹没的共计25处，而新增有游览价值的景点达77处。例如：库区开县将形成一片方圆58平方公里的巨大水域，昔日无数的山丘将成为一个个独立的岛屿，出现类似“千岛湖”的壮丽景观；占地面积达6000亩的古军事遗址“皇华城”，将成长江中最大一个孤岛；忠县的干井河、玉溪河、东溪河将城市团团包围，令忠县呈现出一派“水在城中，城在水中”的江南景色。万州港所辖的腹心区域将成为中国西部独具特色的峡谷湖光风景区。
