保护区的四至界线如下：东界：以县界为界，北起欧家坪，南溯廖林沟沟尾至县界，与南江县相邻。

北界：以省界为界，东起欧家坪城岩北，向西经城墙岩主峰（海拔2281米）和无名峰（海拔2226米），然后折向西北至官牛洞，由此沿长潭河折向西南，经分水岭向西至大坝口。这是与陕西省宁强县的分界线。

西北界：由大坝口向西，经蒋家坝南缘，再经梨树碥北面至大红岩西北，然后向西至海拔2103.7米的无名山，再折向东南，经塔子湾，抵达海拔2021米的山峰。这是与陕西省宁强县的分界线。南界：由光头山向东北沿龙神沟南支，经石板垭—庄房垭—石人山达宽滩河支沟洞子沟中游，然后沿洞子沟向南，过宽滩河，向东南经王家河—张家湾—经岩坝—鄢家湾—唐家垭—松包寨（海拔1901米）—木场坪—大阴坡达岳溪河上游黄金峡，沿西南方向翻王家梁子至纸厂沟，再转向东南，溯纸厂沟、廖林沟至县界，与东界的南端相接。

四川米仓山自然保护区是由原鼓城山自然保护区更名而来的。1997年，为了保护旺苍县的自然生态环境，旺苍县人民政府决定把从未开发的鼓城山国营林场、旺苍县国营林场的国有林以及檬子乡、鼓城乡部分保存完好的集体林划为自然保护区。1999年2月，四川省人民政府以川府函（1999）2号“四川省人民政府关于将丹巴墨尔多山等16个自然保护区确定为省级自然保护区的通知”，批准鼓城山自然保护区为省级自然保护区。2002年8月16日，四川省人民政府以川府函（2002）235号“四川省人民政府关于同意四川鼓城山自然保护区更名为四川米仓山自然保护区的批复”，将四川鼓城山自然保护区更名为四川米仓山自然保护区。

四川米仓山自然保护区有维管束植物195科949属2597种，其中蕨类植物32科75属213种；裸子植物8科21属43种；被子植物155科853属2341种。植物科占全国植物科的55.24%，属占全国植物属的29.86%，种占全国植物种的9.57%。

据统计，保护区内属于《中国植物红皮书》和第一批国家重点保护名单、1997年国家林业局和农业部拟订的《中国重点野生植物名录》、1999年8月4日国务院公布的《国家重点保护野生植物名录（第一批）》的物种（不重复统计）有100余种，约占保护区维管束植物的4.62%。其中1999年8月4日国务院公布的《国家重点保护野生植物名录（第一批）》的物种有国家ⅰ级重点保护野生植物红豆杉、南方红豆杉、银杏、独叶草4种，属国家ⅱ级重点保护的野生植物有台湾水青冈、巴山榧、香果树等10种，保护植物占僵保护植物的5.09%。由于保护区所处位置的特殊性，这些植物生存环境稳定，生长良好。在植物资源中，特别是大面积的水青冈属植物的发现，引起了四川植物界与野生动植物保护部门的高度重视。保护区还蕴藏有十分丰富的中药材资源，可直接利用的药用植物主要有党参、泡参、天麻、桔梗、柴胡、半夏、杜仲、黄柏、五味子、南五味子、淫羊藿等多种；可用于生产新药的药源植物有石杉、八角莲等。

保护区独特的地形地貌和优越的自然生境条件，大面积保存完好的原始森林，为野生动物提供了良好的栖息环境，孕育了丰富的野生动物资源。据统计，保护区内有鱼类6目13科51属70种占四川省鱼类种数的28.69%、两栖类2目9科18属32种占全省两栖动物种数28.83%、爬行类2目8科20属31种占全省爬行类动物种数的36.90%、鸟类17目93科173属241种占全省鸟类种数的39.19%,且我国特有鸟类较多,占全国特有种数的14.29%、哺乳类7目24科67属88种占全省哺乳类动物种数的40.37%，共有脊椎动物34目147科329属462种。

在保护区462种脊椎动物中，属于国家一级重点保护的野生动物有豹、云豹、林麝、扭角羚、金雕等五种；属国家ⅱ级重点保护的野生动物有大鲵、豺、红腹角雉、藏酋猴等39种；国家保护的有益或者有重要经济、科研价值的动物如毛冠鹿、豹猫等161种。猕猴、大鲵、黑熊等在保护区较为常见。保护区内分布的国家重点保护的野生动物占四川省分布的国家重点保护野生动物的29.93%。在这些国家重点保护野生动物中，扭角羚的发现，具有重要意义。米仓山自然保护区自然景观和人文景观等旅游资源丰富。在自然景观旅游资源中尤以地景，即地质景观、山景、洞景、峡景、崖景等最突出。区内刘家岩到关口垭的岩浆岩与古生代地层的分界线，界线清晰，是研究米仓山地质演变的重要标志。矗立在保护区东北部的东、西鼓城山，有如两个巨鼓，形象迫真，规模巨大，在国内外岩溶山地中也实属罕见，是保护区标志性景观。此外，景物各异的洞景，色彩随季节变化的崖景，风光秀丽的峡景等，以及河景、瀑布景观、生物景观等自然资源多姿多彩；而古遗址、古驿道以及独具风貌的民居等丰富多样的人文景观，既有生态、观光、休闲旅游的功能，又有科学考察和科学普及教育功能。景观的观赏价值较高，适宜于开展多种生态旅游。