本馆现有藏品两千余件,主要包括生产工具、生活用具、文献典籍、音乐舞蹈器具、民俗宗教用具、服饰等6大类别,分别来自中国东北、西北、西南、华南、江南、西藏等地。除此之外,还收藏有反映20世纪20至60年代中国特别是云南少数民族历史文化的老照片250余幅,以及反映世界各地历史文化的人类学电影和纪录片800余部。
云南大学人类学博物馆依凭云南得天独厚的民族文化资源优势,以及博物馆影视人类学实验室雄厚的技术实力,目前完成了“云南民族文化生态村”、“民族艺术”、影视实验室、云南大学校史等四个内容的展区建设。“云南民族文化生态村”展区主要展示云南省六个民族文化生态村建设试点的成果,特别强调在村民内部培养文化自觉意识,最终实现文化就地保护和传承的生态博物馆建设模式;“民族艺术”展区包括假面荟萃、宗教器物、乐物器具、服饰艺物四个方面的内容;影视人类学实验室展区拥有24个视频点播终端,可供点播内容包括国外经典纪录片、中国早期民族志电影、民族民间艺人系列、人类学者访谈、电影讲座等。