玉皇阁及文华书院位于巍山古城东北隅。始建于明代，清同治八年（1869年）毁于战乱，清光绪元年（1875年）在玉皇阁旧址上创建文华书院。清光绪二十六年（1900年）重建玉皇阁。玉皇阁与文华书院并存，分立左右。

玉皇阁始建于明，清光绪二十六年(1900年)重建。依次为山门、前厅、中厅、大殿共四进三院及两厢组成。大门为三开间单檐歇山顶牌楼式建筑，前檐饰如意斗拱，装饰华丽。后殿建于月台上，重檐歇山顶，面阔五间，上下层檐下均饰七踩三昂斗拱，门窗雕工精细，为巍山清代建筑中规模最大的殿宇。

书院则位于玉皇阁之左，清光绪元年(1875年)创建，光绪二十九年(1903年)成立劝学所，改文华书院为高等小学堂。书院占地4000多平方米，由大、二门、泮池、雁塔坊、奎星阁、藏书楼及两厢等大小九个院落组成，现仅存藏书楼、奎星阁、雁塔坊及部分厢房。奎星阁为重檐歇山式建筑，面阔五间，下层四周设廊，上下层檐下均设七踩斗拱。藏书楼建于高台上，面阔五间20米，进深15米，高l1米余，重檐歇山顶，翼角出檐甚长，整个建筑气势宏伟。文华书院原存碑10通，为清光绪初年筹拨杜文秀起义军“叛产”作书院经费的布告，有一定历史价值。

玉皇阁及文华书院于1998年11月被云南省人民政府公布为第五批省级文物保护单位。