清朝亚东海关遗址位于日喀则市亚东县下亚东乡，海关建筑群总面积约6.5万平方米。

清朝亚东海关遗址由6座建筑废址与穿越遗址的驿道组成。整个建筑废址残存大量倒塌堆积，大量残留的瓷器、铁器、铜器等物件被发掘。依据布局、规模、室内结构等分析，初步推测建筑功能属性分别为海关官署、关帝庙、海关工作人员及驻军宿舍、海关办理通关手续场所、海关日常用品交易场所。

此外，在遗址周边调查发现了一批与海关有关联的建筑遗址群，经初步考证，认定其中包括关墙及哨卡遗址、马厩遗址、英国商务代理处等。陈祖军认为，它们与海关遗址构成了不可或缺的整体，这对全面了解海关提供了资料。