1937年1月13日，中共中央机要科随中共中央进驻延安后驻于此处。机要科初到延安时，同时兼负中央军委机要工作，科长是邓颖超，后由叶子龙接任，李质忠任副科长。1938年11月20日日本飞机轰炸延安后，中共中央机要科撤出凤凰山麓，迁往八路军总部驻地王家坪。后来随着形势的发展，分别成立了中央机要科，中央军委机要科和中情部机要科。1943年中央决定精简机构，把3个部门合并为中央机要科，驻杨家岭，归中央办公厅秘书处领导。李质忠任科长，曾三任协理员。

1947年3月18日，中共中央机要科随中共中央机关撤离延安。

该旧址是凤凰山革命旧址的组成部分。1961年3月4日，被公布为全国重点文物保护单位。1996年10月14日，被中共中央宣传部公布为国家级重点文物保护单位爱国主义教育基地。