因殿中有马蹄印而得名。石窟进深10米，宽10米，高３米，中心柱前上下开龛有两排座佛像，上龛中有三世佛。即：过去佛燃灯佛、现在佛释迦牟尼佛，未来佛弥勒佛。下龛塑有三尊头戴桃形“班霞”金光灿灿的佛像。中间一尊是藏传佛教格鲁教派的创始人宗喀巴塑像，左边是大弟子贾操杰，右边是二弟子克珠杰，这三尊一级的塑像被格鲁派人尊称为“杰亚赛松”，意为父子三尊，极受藏传佛教的尊崇。中心柱回廊四周，边墙供台上塑有藏传佛教十六尊者，四大天王众佛像。殿中的石地上有一马蹄印迹，清晰可见，象真的马蹄印，但又大于一般的马蹄迹。马蹄印的形成有不同的说法，一种说是神马蹄迹，有次法显路过到临松峡谷马蹄寺，一天下午，半天彩霞，忽见一匹神马从北向东飞来，到寺院上空徘徊多次，被这神奇的地方吸引住，便落到一块青石上，莅临这佛教圣地，后来在青石上留下一个马蹄迹，这就是神马蹄迹的说法；也有说是格萨尔座骑的蹄迹，格萨尔王从《霍岭大战》凯旋归来，在千佛洞前的长头滩安营扎寨，犒赏三军将士，乘座骑前去检阅大军，战马一见到猎猎军旗，气壮山河的威武大军，抑制不住其烈性，奋蹄疾驰，格萨尔忽然紧勒马爵钗，战马因用过过猛，一只前蹄踏在一块青石上，才站稳身子，便留下了马蹄印。马蹄殿门口下方的石崖上至今还留有不少格萨尔系马的小石孔，五十年代，这些石孔前还有一个格萨尔喂马的马槽，还有拴马的１米多高的铁橛，但你见到这些情景，不得不相信马蹄殿中的“神骥足”就是格萨尔的马蹄印。