博古孜河发源于天山南脉海拔4525米的散达勒山南麓。由河源到山口河长102千米，全长流向，穿越阿图什市北部群山，进入吐古买提地，经阿湖宽谷，一支向东南注入托克拉克水库后再从七盘水磨山口泻出，流入博孜塔格山前平原。一支继续南流，出博孜塔格山口，向东南转向进入博孜塔格山前平原，注入托喀依水库。每年平均流量3.23立方米／秒，历年实测最大流量472立方米／秒，最小流量1.00立方米／秒。多年平均径流量1.043亿立方米。纵坡18.2‰。主要水源为地下水补给，补给量达50％，流量较稳定。主要灌区为阿湖谷地、博孜塔格山前平原及供应阿图什市城镇用水。

“问渠那得清如许，为有源头活水来”，正是博古孜河原头雪山上的不尽活水，孕育了博古孜河两岸的片片草地和绿洲。

博古孜河水流比较平缓，但在狂怒之时也有惊人骇世之举，1944年6月12日夜，河水猛涨，当时的阿图什县城顷刻之间成为一片汪洋，县政府的房屋在洪水中倾倒，就连县府的大印也被洪水冲走。

共和国成立之后，先后在博古孜河上修建了3座中型水库和一条防洪大堤，这几大水利工程不仅是造福阿图什绿洲的生命工程，而且成为阿图什旅游的最佳人工景点，特别是博古孜河防洪大堤，绵延近10公里的钢混结构的河堤和高高垒起的铁丝网堤防，似一条巨龙，甚是壮观。河堤内一片片茂密的柳树林中绿枝婆娑，飘然舞动，林荫郁蔽，流水清清，是消暑度夏的好去处。