霍拉山佛寺遗址位于焉耆回族自治县七个星乡霍拉山村东南的山梁和山前坡地上，是佛教文化东传的一个重要枢纽，也是焉耆国的佛教中心。晋唐时期为发展的繁荣时期，表现出印度佛教东传以及中原佛教西渐的发展过程。洞窟的形制大致与克孜尔一期洞窟相似。壁画比较精美，佛像造型丰满和祥，具有犍陀罗和中原的风格。此外，该遗址中，还出土了吐火罗文书写的纸质文书《弥勒会见记》等一批罕见文物。对于研究古代焉耆史乃至西域社会发展史、佛教史、戏剧史等具有着重要的价值。

佛寺遗址，由地面寺院建筑和洞窟建筑两部分组成。地面寺院遗址分布于山梁和坡地上，依山势布局修建。一条自然泉沟将建筑群分为南北两大区，即今所命名的南大寺和北大寺，寺院残存大小建筑九十三处。总面积约四万多平方米。各建筑坐西朝东，主要建筑有殿堂、僧房、佛塔等。僧房大致呈方形或长方形，面积约四至六平方米。大殿边长达二十四米。佛塔为圆或方形或八角形基座，圆柱塔身，穹窿顶，有的有正方形的围墙或内部空心。

佛寺遗址中十一处洞窟位于寺院西北部约一公里的霍拉山底矮的山腰处，依山开凿，大部分坐东朝西，门朝西开。洞窟形制分为两种，一种为纵券顶平室窟，另一种为前后室的支提窟。其中，前后室的支提窟、前室的纵券顶，左右开甬道，后室呈横券顶隧道状。所形成的中心柱为长方形，洞窟内佛像无存，只残存佛像基座。二、三、五、七号窟内有少量的乐伎、朵云纹、飞天等壁画遗存。曾出土泥塑佛、菩萨、天王，供养人等头像。

佛寺遗址是目前新疆地区仅存的一处佛塔、佛殿和石窟并存的佛教建筑群遗址。一九九一年至一九九六年，巴州文管所，焉耆县文管所三次对佛寺遗址进行了保护围墙的修建。

2019年，霍拉山佛寺遗址列入第八批全国重点文物保护单位。