卓尔库特古城遗址位于轮台县城东南约25公里的克孜勒河西岸沼泽苇湖间，在仓头古城遗址向东4公里处。古城是一个每边长300余米的略圆城池，现已沦为一圈约3米高的土埂，由于靠近克孜勒河沟，城中和四周全为沼泽水沟。城中有一环形小湖，湖心高台上有古建筑遗址。南面是两个土坯，左面的似仓库，右面的似官署遗址。东南角有一高约9米的土墩，似原来的戍保遗址。古城东西两边不远处有两座小黄土堆。各占地40平方米，一方一圆。是古城的附属建筑再向东还有一小土墩，系旧时营垒。古城以西、以北的戈壁怪柳丛中、还能找到田埂、旧渠的残迹和大小均匀、划分整齐的田块，是汉代“田卒”集体屯垦的纪实。

考古学家黄文弼曾在古城中挖出大量麦壳和陶片、箭镞、劳动工具等文物，确认该遗址是汉昭帝时代(公元前86—前81)赖丹校尉修建的校尉城。

2019年，卓尔库特古城遗址列入第八批全国重点文物保护单位。