清康熙二十二年(1683年)，锡地民众为纪念明嘉庆年间的无锡知县王其勤，在双忠祠南侧另建一庙，因王其勤是湖北松滋人，所以取名‘松滋王侯庙”并将两庙合为所。清乾隆四十六年重修殿宇，至嘉庆十四年(1809年)拓地扩建，咸丰年间被毁，后又重建。重建后庙宇有头山门、二门、戏台、大殿、酒厅、茶厅、蚕师殿及北侧的双忠祠正殿，书厅等建筑。

南水仙庙的庙舍从1928年起成为了谷余小学的校舍，后邑人觉得南门缺少中学又升为中学，更名为培南，遂又复为小学，学校在抗战时期停办。1941年，地下党为了在锡开展工作，需要身份掩护，又复办培南中学。地下党员邱宝瑞亲任校长其后陆续来了很多地下党员，皆以教师身份为掩护，开展革命工作。

南水仙庙1989年列为市文物保护单位，2001年建成无锡市道教观。在水仙道院保护性修复工程实施过程中，将道教文化融入其中，以道教艺术展示厅、道教音乐博物馆的形式布展，充分挖掘和展现无锡道教音乐作为国家级非物质文化遗产的独特魅力。