该寺为南宋德佑元年（1275）伊斯兰教创始人穆罕默德第十六世裔孙阿拉伯人普哈丁来扬州传教时募款所建。与杭州凤凰寺、广州怀圣寺、泉州麒麟寺齐名，并称我国四大清真寺院。

此寺融合了伊斯兰建筑和我国古代建筑的风格特点。在兴建此清真寺时就按鹤的形体从“嘴”到“尾”布局。

大门对面原有照壁墙为“鹤嘴”（1958年拆毁）；寺门是仿唐建筑，翘角牌楼，犹如鹤首昂起；从寺门至大殿，是一条狭长弯曲的甬道，形似鹤颈；大殿相当于鹤身。

大殿南北两侧有飞檐起翘的半亭，如同鹤翼（南侧半亭即望月亭，北侧半亭已圮）；大殿后左右两侧庭院，有古柏两株，谓之鹤足。

殿后原临河，遍植竹篁，形如鹤尾（填汶河筑路后竹篁不存）；大殿前，左右两侧各有水井一眼视为鹤目。

每逢伊斯兰教节日，中外信仰者往往在这里聚礼，今日仙鹤寺已成为扬州和阿拉伯友好交往的一座标志。

2019年10月7日，仙鹤寺入选第八批全国重点文物保护单位名单。

交通位于市区南门街，背靠汶河南路公交1、5、9、6、7、16、旅游专线等公交可达。