据地质史料分析：紫云山系加里东造山运动中崛起、燕山造山运动中形成高山峡谷。这里既有典型的亚热带气候，又有地方性少变小气候，当第四纪冰川袭击时，它因四面环山的走廊式地形，从而避免了冰川的侵入，因此，成为动植物理想的“避难所”，保存了热带、温带、亚热带多种植被。

据初步调查，这里有木本植物105科，334属，940多种。其中属国家保护一、二、三类珍贵树种有28种。紫云山顶有一棵“银杏王”，身高35米，胸径2米，树龄愈千年，仍虎虎有生气,被誉为“寿星树”。还有一颗连香树，一树萌出七棵，互相提携，亭亭玉立，人称“七姐妹”。每年四月，先花后叶,或鲜红、或紫色，在阳光的照射下，呈现七彩云光，瞬息变幻、绚丽如霞。山坡沟谷遍布奇花异草，仅杜鹃花就有20多种。

这里药用植被达700多种,有药中三宝：竹节人参、灵芝、天麻草；有珍贵的黄莲、杜仲、香榧、厚朴、回阳草、七叶一枝花。富绕的绿色走廊是动物的乐园。据初步调查，有动物资源60多种，列入国家重点保护的有水鹿、苏门羚、大灵猫、穿山甲、华南虎、红面猴、毛冠鹿、锦鸡、铜鸡、金钱豹、黑熊等21种。