博物馆于2009年建设，前期部分建设经费由香港友人伍达观先生资助，后期建设经费为云南省卫生厅专项拨款。博物馆于2010年十一月由云南省文物局正式批复成立，总建筑面积4651.59m2，有12个展室，每个展室约220m2。展区部分共3层，每层4个展室：第一层，院史展室2个、中医西传展室1个、中医药文化展室1个;第二层为民族医药展室，分为云南民族医药文化、云南民族医药诊治特色、云南民族药开发成果和云南民族药标本展室各1个;第三层为中药标本展室，分为《滇南本草》、《神农本草经》、云南特色药物、传统药材等标本展室各1个。现已建设完成7个展室即中药标本展室4个、院史展室2个和云南民族药标本展室1个，已免费对外开放;其他展室正在建设当中，2012年将完成博物馆所有展室的建设，并对外开放。

博物馆以云南地产中药资源和民族医药资源为馆藏特色，旨在弘扬中医药和民族医药文化，展示中医药的系统科学性和民族医药的独创性。博物馆现有民族药标本400多种，中药标本2000多种(其中浸泡标本170种、饮片标本460种)，古籍50余册，中医药、民族医药文物、实物等100多件。

博物馆于2012年成功申报为云南省中医药文化宣传教育建设基地，2012年正式挂牌为云南省科学教育普及基地。博物馆自建设以来已接待国内外各界人士数千人，开展科普活动多次，成为弘扬云南传统医药文化的窗口以及中医药、民族医药爱好者和科研工作者交流、学习的平台。